Desde el comienzo de su carrera como director de orquesta, Christoph Poppen ha ganado fama internacional por su innovadora y original programación y su compromiso con la música contemporánea.
Director invitado de manera frecuente, ha actuado con la Orquesta Sinfónica Alemana de Berlín, la Orquesta Estatal Sajona de Dresde, la Orquesta Sinfónica de Bamberg, la Orquesta Filarmónica de Radio France, las orquestas sinfónicas de Detroit e Indianápolis, la Orquesta Filarmónica de Viena, la Orquesta Sinfónica Estatal de São Paulo, la New Japan Philharmonic, la Orquesta Sinfónica de Singapur, la Camerata de Salzburgo, además de en la Bienal de Venecia.
En la temporada 2019-20, Christoph Poppen colaboró con la Orquesta de Cámara de Colonia como director principal y como director invitado principal de la Sinfonietta de Hong Kong. Asimismo, caben destacar sus colaboraciones con la Orquesta Sinfónica de Bilkent y la Ópera Nacional Galesa, entre otras. También ha trabajado con importantes orquestas como la Orquesta Filarmónica de Seúl, la Orquesta de la Residencia de La Haya, la Filarmónica de los Países Bajos, la Orquesta de Cámara de Israel, la Orquesta Filarmónica de la Radio Alemana Saarbrücken Kaiserslautern y la Orquesta Estatal de Atenas.
Como director de ópera, dirigió con gran éxito una producción de El rapto en el serrallo en el Teatro Aalto de Essen, así como las representaciones de Ifigenia en Áulide de Gluck en la Staatsoper de Stuttgart. En 2016 volvió al Teatro Carlo Felice de Génova para una producción de Don Giovanni. Dirigió representaciones de Los pescadores de perlas en la Ópera de Frankfurt -lo que le valió una nueva invitación para dirigir La flauta mágica- y creó la nueva producción de Sing For Me, Death del compositor Claude Vivier con la compañía RuhrTriennale de Gelsenkirchen. En 2017 dirigió el Oberón de Weber en versión de concierto en la Ópera de Colonia.
A lo largo de los años, Christoph Poppen ha ocupado una serie de importantes cargos de dirección en Alemania. Entre 1995 y 2006, fue director artístico de la Orquesta de Cámara de Múnich, donde estableció el nuevo perfil del conjunto en un corto periodo de tiempo. Sus característicos programas, basados en un contraste de música clásica y contemporánea con numerosas obras de encargo, cosecharon un gran éxito. En agosto de 2006, fue nombrado director musical de la Orquesta Sinfónica de la Radio de Saarbrücken, y desde 2007 hasta 2011 fue el director musical de la recién creada Orquesta Filarmónica de la Radio Alemana Saarbrücken Kaiserslautern.
Bajo su dirección artística, el Festival Internacional de Música de Marvão (Portugal) ha crecido hasta convertirse en un acontecimiento musical de gran éxito que ha recibido numerosos premios y en el que participan solistas como Jörg Widmann, Augustin Hadelich, Javier Perianes y Clara-Jumi Kang.
Christoph Poppen fue nombrado profesor de violín y música de cámara de la Academia de Música de Detmold, y posteriormente de la Academia de Música Hanns Eisler de Berlín, de la que fue presidente desde 1996 hasta 2000. Entre 2001 y 2005, Christoph Poppen fue director artístico del famoso Concurso Internacional de Música ARD. Desde 2003, Christoph Poppen es profesor de violín y música de cámara en la Academia de Música y Teatro de Múnich. En 2019, fundó la Academia Internacional de Música, Artes y Ciencias de Marvão/Portugal.
Desde el curso 2021-2022 es profesor de la Cátedra de Violín Telefónica de la Escuela Superior de Música Reina Sofía de Madrid.