La Escuela Superior de Música Reina Sofía fue fundada por Paloma O’Shea con la intención de situar en España un centro de alta especialización profesional al que pudieran acudir los jóvenes de mayor talento procedentes de todo el mundo para formarse con los grandes profesores internacionales y para acercar su música a la sociedad. La Escuela abrió sus puertas en septiembre de 1991, en unos chalets de la localidad madrileña de Pozuelo de Alarcón, con cuatro profesores excepcionales: Dmitri Bashkirov, Zakhar Bron, Daniel Benyamini e Ivan Monighetti. En el reclutamiento de estos profesores, Paloma O'Shea contó con la ayuda de grandes músicos: Mstislav Rostropóvich, Zubin Mehta, Yehudi Menuhin y Alicia de Larrocha. Fue decisivo, igualmente, el apoyo de Su Majestad la Reina Doña Sofía, quien dio nombre a la Escuela, se convirtió en su Presidenta de Honor y sigue su evolución muy de cerca.

El quinto en incorporarse no fue un profesor de instrumento, sino de música de cámara —Piero Farulli, del Cuarteto Italiano— lo que da idea de la importancia que la música de conjunto ha tenido siempre en la Escuela. El contrabajista Ludwig Streicher completó la cuerda y Alfredo Kraus inauguró el canto. El viento llegó en tres oleadas y también con primeras figuras: primero, Hansjörg Schellenberger, oboe, y Radovan Vlatković, trompa, y, poco después, el resto del viento-madera: Jacques Zoon, flauta, Michel Arrignon y Pascal Moraguès, clarinete, y Klaus Thunemann y Gustavo Núñez, fagot. Recientemente se ha añadido la trompeta, con Reinhold Friedrich.

A lo largo de los años, el claustro de profesores se fue enriqueciendo con otros grandes pedagogos: los cantantes Teresa Berganza, Tom Krause, Ryland Davies y Francisco Araiza; los violinistas José Luis García Asensio, Marco Rizzi y Ana Chumachenco, los violistas Gérard Caussé, Diemut Poppen y Nobuko Imai, los violonchelistas Natalia Shakhovskaya y Jens Peter Maintz, los contrabajistas Rainer Zepperitz y Duncan McTier y la pianista Galina Eguiazarova. Destacan, una vez más, los grandes cameristas: Márta Gulyás, Rainer Schmidt (del Cuarteto Hagen), Walter Levin (del Cuarteto LaSalle), Heime Müller (del Cuarteto Artemis), Menahem Pressler (del Trío Beaux Arts) y Ralf Gothoni. Como culminación de este interés por la música de cámara, la Escuela puso en marcha en 2006 el Instituto Internacional de Música de Cámara de Madrid que, bajo la dirección del profesor Günter Pichler (del Cuarteto Alban Berg), ha convertido a España en un centro de referencia de la educación y la interpretación camerística.

La Escuela ha tenido siempre un cuidado especial por su programa orquestal trayendo maestros que sirvan de inspiración y estímulo al alumnado: desde Zubin Mehta, Lorin Maazel, Yehudi Menuhin y Sir Colin Davis hasta Luciano Berio, Jordi Savall, Vladimir Ashkenazy o Péter Eötvös. Actualmente, tras los periodos de José Luis García Asensio y Antoni Ros Marbá, los maestros Andrés Orozco-Estrada y András Schiff son los directores titulares de la Orquesta Freixenet de la Escuela en sus dos formatos, Sinfónica y de Cámara, respectivamente. La Escuela dispone, además, de la Camerata Viesgo y de la Sinfonietta, en colaboración con la Fundación BBVA, que aborda el repertorio contemporáneo bajo la dirección de reputados especialistas. Los más de 20 encargos a compositores del programa Música para una Escuela y la creación de la Cátedra de Composición, prevista para el curso 2020-21, son también muestra de un compromiso sostenido con la creación actual.

La Escuela Reina Sofía alcanzó pronto el prestigio internacional —la revista inglesa The Strad (julio de 2001) la describió como «una de las mejores escuelas de Europa, si no del mundo»— como resultado de los principios pedagógicos que viene aplicando desde su fundación: admisión de profesores y alumnos estrictamente por su mérito, matrícula gratuita, gracias a un ambicioso programa de becas que no deja fuera de la Escuela a nadie por motivos económicos, libertad de enseñanza, plan de estudios individualizado y gran cantidad de conciertos que están concebidos como prolongación de la actividad académica y permiten a la Escuela llevar su música a la sociedad.

En el año 2001, la Escuela puso en marcha en Santander el Encuentro de Música y Academia, una combinación de festival de conciertos y curso de verano que, desde entonces, llena de música el mes de julio de la ciudad y de más de 20 localidades de Cantabria. El Encuentro, con Péter Csaba como director artístico, reúne en Santander a profesores muy destacados de cada instrumento con 60 alumnos seleccionados uno a uno mediante audición en las mejores escuelas de Europa. Por la tarde, alumnado y profesorado comparten escenario en pie de igualdad en unos conciertos muy especiales que combinan el repertorio inhabitual con el clásico. Maestros como John Corigliano, Sofía Gubaidulina, Krzysztof Penderecki, Péter Eötvös o Luis de Pablo han venido al Encuentro como compositores residentes. El Encuentro cuenta con el apoyo decidido del Gobierno de Cantabria y con la colaboración, igualmente entusiasta, del Ayuntamiento de Santander.

El curso 2008-2009 constituyó un punto de inflexión importante para la Escuela, con el traslado a una sede definitiva situada en el corazón institucional y cultural de Madrid, entre el Palacio Real y el Teatro Real. Bajo la presidencia de Sus Majestades los Reyes y ante la familia real en pleno, Zubin Mehta inauguró el Auditorio Sony de la Escuela al frente de la Orquesta Freixenet con un programa con obras de Mozart.

En 2016, coincidiendo con su 25 aniversario, la Escuela comenzó a impartir el Título Superior de Música en el marco europeo de Bolonia, al que se sumaría dos años más tarde el Máster en Enseñanzas Artísticas de Interpretación Musical, a la vez que mantiene en toda vigencia el diploma privado que proporciona a los profesores la libertad e individualización académica que es seña de identidad de esta Escuela. Ese año nacieron también el programa de Alumni, que estrecha el vínculo de los antiguos alumnos con la institución y entre ellos, y el programa de Amigos y la Jornada de Puertas Abiertas, que acercan la Escuela a la sociedad. Poco antes se había creado el Círculo Internacional, que reúne a personalidades de distintos países con la finalidad de proyectar la Escuela a nivel mundial.

La Escuela fue pionera en detectar el potencial de lo digital en la educación musical, y en los últimos años ha lanzado varios proyectos para dar difusión al enorme patrimonio audiovisual que posee, formado por clases magistrales de destacados profesores y conciertos de sus alumnos. En 2006 se pone en marcha Magister Musicae, una escuela virtual con más de 3000 horas de clases, y en 2010 nace Classical Planet, que agrupa conciertos, clases magistrales, retransmisiones en directo y fondos documentales. El testigo de estas dos iniciativas lo recoge el Canal Escuela, que permite acceder gratuitamente a la selección de los mejores contenidos audiovisuales de la Escuela desde 2001.

En los últimos años se han puesto en marcha nuevos proyectos, como el Programa de Emprendimiento e Innovación Social y los talleres Disfruta la Música y Música y Liderazgo con el fin de que promover la preparación del alumnado ante los cambios de la vida musical y ampliar el alcance y la relevancia social de la Escuela. Desde 2017, la Escuela organiza cada verano su Summer Camp, un programa de inmersión cultural y musical enfocado a jóvenes de 12 a 17 años que acoge a participantes de todo el mundo. El espíritu internacional de la Escuela también se traduce en su participación destacada en diversas asociaciones nacionales y europeas, como la Red Europea de Academias de Ópera (ENOA), la Asociación Europea de Conservatorios (AEC) o la Asociación Española de Fundaciones (AEF). Su proyecto europeo más reciente, New Skills 4 New Artists, nace en 2019 con el objetivo de favorecer la adquisición de competencias digitales, empresariales y tecnológicas por parte de músicos que comienzan su carrera profesional.